Pendant l'ère d'Edo, le shogun Tokugawa Ieyasu après avoir consulté le prètre Nankôbô Tenkaï décide que celui de ses deux fils qui lui succèdera, sera désigné par l'issue de la confrontation de deux clans ninja légendaires: les Kôga et les Iga. Ces deux clans ennemis depuis 400 ans entretiennent un pacte de non-agression depuis quelques générations décrété par l'ancêtre de Hattori Hanzo. Ce dernier autorise les deux clans à reprendre le conflit qui les oppose sous la pression du shogun: chacun des clans devra désigner 10 maîtres ninja qui s'affronteront à mort sous les couleurs des fils Tokugawa. Le survivant donnera le pouvoir à celui des héritiers qu'il représente! Jusque là, c'est simple, mais là où ça se complique c'est qu'en marge de tous ces tumultes politico-guerriers, les descendants des familles Koga et Iga - Koga Gennosuke et Iga Oboro - sont amoureux et tels des Roméo et Juliette, ils se voient en cachette